Caro Diario è un film ad episodi, si compone di tre capitoli e il protagonista di tutte le storie è sempre Moretti che interpreta se stesso. Nella prima parte che s’intitola “In vespa”, un Moretti solitario gironzola per Roma nel mese d’agosto. Il secondo capitolo “Isole” narra di un viaggio del regista tra le isole Eolie in cerca di un posto tranquillo dove poter scrivere la sceneggiatura di un film. L’ultima parte, “Medici”, è il racconto di una malattia contratta dal regista: inizia con una ripresa autentica e ci mostra un Moretti molto preoccupato che si barcamena inutilmente tra diagnosi errate e farmaci sbagliati, senza riuscire a trovare un medico che ascolti davvero quello che il paziente ha da dire.

«Roma è sempre stata – tranne per il caso de La stanza del figlio – lo scenario naturale dei miei film. Le mie prime opere sono a tutti gli effetti “film romani”… probabilmente senza volerlo ho raccontato un luogo, oltre che un ambiente politico, sociale e generazionale. In realtà, ho girato i miei film in quel posto così preciso geograficamente – Roma Nord, quartiere Prati – perché rappresentava la destinazione naturale delle storie che mi venivano in mente.
L’episodio delle isole mi è venuto in mente un giorno in cui sorvolavo l’arcipelago delle Isole Eolie e le ho viste in un’unica immagine, in un’unica inquadratura. Allora mi è venuta in mente questa rivalità – che non c’è assolutamente tra gli abitanti dell’arcipelago, ma che c’è invece stranamente tra i rispettivi villeggianti. Chi sceglie Panarea detesta quelli che scelgono Stromboli o Salina; chi sceglie Alicudi detesta chi sceglie Lipari o Panarea: c’è una forte competizione tra i vari villeggianti, clienti delle isole, cosa che, ripeto, non appartiene assolutamente agli indigeni, a chi ci vive. E allora mi è venuto in mente di raccontare questa rivalità così feroce tra isole così vicine tra loro.» (Nanni Moretti).